iki boyutlu jel elektroforezi ne demek?

İki Boyutlu Jel Elektroforezi (2D-PAGE)

İki boyutlu jel elektroforezi (2D-PAGE), karmaşık protein karışımlarını yüksek çözünürlükle ayırmak için kullanılan bir proteomik tekniğidir. Proteinleri iki farklı özelliklerine göre art arda ayırarak, tek boyutlu elektroforeze göre çok daha fazla sayıda proteinin ayrılmasını sağlar. Bu teknik, özellikle bir hücre, doku veya organizmadaki tüm proteinleri (yani proteomu) incelemek için kullanılır.

Aşamaları:

1. Birinci Boyut: İzoelektrik Odaklama (IEF)

   • Proteinler ilk olarak, izoelektrik noktalarına (pI) göre bir pH gradyanı üzerinde ayrılırlar.
   • İzoelektrik nokta, bir proteinin net yükünün sıfır olduğu pH değeridir.
   • Proteinler, pH gradyanı boyunca hareket eder ve kendi pI değerlerine ulaştıklarında dururlar.
   • Bu aşamada, izoelektrik%20nokta kavramı önemlidir.

2. İkinci Boyut: SDS-PAGE

   • IEF'den elde edilen jel şeridi (genellikle bir IPG şeridi), sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) için hazırlanır.
   • SDS, proteinleri denatüre eder ve onlara negatif bir yük verir.
   • Proteinler, moleküler ağırlıklarına göre jelde hareket ederler; küçük proteinler daha hızlı hareket ederken, büyük proteinler daha yavaş hareket eder.
   • Bu aşamada, moleküler%20ağırlık ve poliakrilamid%20jel%20elektroforezi kavramları önemlidir.

Analiz:

• Elektroforez tamamlandıktan sonra, jeldeki proteinler genellikle Coomassie boyası, gümüş boyama veya floresan boyalarla görselleştirilir.
• Jeldeki protein lekeleri, bir görüntüleme sistemi kullanılarak tespit edilir ve analiz edilir.
• Protein lekelerinin yoğunluğu, protein miktarını gösterir.
• Kütle%20spektrometrisi gibi yöntemlerle proteinlerin tanımlanması yapılabilir.

Uygulamaları:

• Proteom analizi
• Protein ekspresyon analizleri
• Biyobelirteç keşfi
• İlaç hedefi tanımlama
• Hastalık mekanizmalarının incelenmesi
• Proteomik çalışmalarında önemli bir yer tutar.

Avantajları:

• Yüksek çözünürlük
• Karmaşık protein karışımlarını analiz etme yeteneği

Dezavantajları:

• Zaman alıcı ve zahmetli bir tekniktir
• Membran proteinleri gibi bazı proteinlerin analizi zordur
• Düşük bolluklu proteinlerin tespiti zor olabilir
• Jel%20elektroforezi ile ilgili temel prensipleri anlamak önemlidir.